《旗旗号巡洋舰》第二季改编自著名童话作家郑渊洁同名作品，故事衔接上一季，继续精彩的玩具世界冒险。作品讲述了皮皮鲁和电动狗、铁皮警察、橡皮鸭、小蜡兔、木头象、熊医生等诙谐逗趣的船员们一起，逃离了小丑乐园继续驾驶旗旗号巡洋舰寻找童童港的故事。在旅途中更多有趣的新玩具角色和脑洞大开的新玩具岛屿将陆续登场，在更新奇的冒险中他们将帮助这些玩具解决麻烦、实现愿望。