《香格里拉》的故事舞台是在21世纪中期的东京，那时东京已经因为温暖化而被密林所覆盖，被骤雨与恐怖的热带蚊所威胁的人们建起了以希腊巨神阿特拉斯命名的高塔移迁到了空中但是并不是所有的人类都拥有这样的福利，贫困的人们仍然得留在地面与种种危机为邻过着艰辛的生活。摆在刚从少年教养院出来的少女面前的，是一大片危险的密林以及与个性各异的同伴一同参与进以性命做赌注的战斗的命运……