超级特工队不是天生的……他们是——孵出来的一同来看看在这场全球特工行动中，老大（Skipper），科斯基（Kowalski），瑞哥（Rico）和菜鸟（Private）这几个再伟大又再搞笑不过的特工企鹅们到底藏了什么秘密。这些精英中的精英现在正和一个看上去很专业的特工组织“北风”合作。这个组织由高大帅气的特工领导（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 配音）。他们必须联手打败大坏蛋布莱恩博士（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音），阻止他毁灭世界！