故事的舞台设定在虚构的日本都市、建立在开拓之地、城市人口锐减的洲笼市住在那里的高中生阿形胜平，不知为何拥有了感知不到疼痛的身体。在暑假将至的某天，胜平通过谜之少女园崎法子的指点，获悉自己已被选为了疼痛共享的系统“羁绊者”中的一员。园崎说过：“这是一个为了将充满纷争的世界，导向和平的实验。”于是，背负着彼此疼痛的少年少女们，开始了这个夏天的故事！